L'histoire se déroule après la fin des finales du tournoi de Holy Road du premier Inazuma Onze GO, et Tenma revient à l'école secondaire junior de Raimon. Cependant, ce n'est pas le Raimon dont se souvient Tenma, et les membres de l'équipe de Raimon ne jouent plus au soccer.

Tenma se rend compte qu'il s'agit d'un monde parallèle lorsque Alpha, le capitaine et l'avant de l'équipe Protocole Omega, apparaît devant lui. Alpha fait partie d'un projet secret à l'avenir pour éliminer le soccer.

Pour aider Tenma dans ses aventures, le van Inazuma Caravan vu dans le précédent Inazuma Onze anime a été modifié en une machine volante.

(Source : Anime News Network)

Attention : cette traduction a été générée automatiquement.