Une nuit sombre, la police japonaise est perquisitionnée par un espion. Des agences de renseignement de différents pays – comme le MI6 de l'Angleterre, le BDN de l'Allemagne et la CIA de l'Amérique – ainsi que les dossiers secrets du FBI vont être pris, mais des agents de sécurité publique dirigés par Tooru Amuro arrivent juste à temps. L'espion vole une voiture et s'échappe. L'espion et Amuro sont alors enfermés dans une chaleur morte sur l'autoroute, et tout comme il est sur le point de causer un accident avec plusieurs voitures, la voiture de l'espion est heurtée par la balle du fusil de l'agent Shuichi Akai du FBI et tombe de la route.

Le lendemain, Conan et ses amis vont dans un aquarium nouvellement rénové à Tokyo. Sous l'attraction principale, une roue de Ferris, Conan trouve une femme attirante seule et blessée. Ses yeux gauche et droit sont de différentes couleurs.

Mais la femme est dans un état d'amnésie où elle ne se souvient même pas de son propre nom.

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