Cent ans après des changements catastrophiques dans les plaques tectoniques, la majeure partie de sa région est submergée, le Japon prospère aujourd'hui en tant que nation maritime. Des villes performantes bordent les côtes du Japon et des routes maritimes bien développées sont défendues par des navires navals spécialisés. L'industrie maritime est florissante, et de jeunes filles sont impatientes de rejoindre les Mermaids Bleues, des femmes hautement qualifiées qui consacrent leur vie à la protection des mers.

Après un certain temps à l'écart, des amis d'enfance Akeno Misaki et Moeka China sont réunis à l'école secondaire Yokosuka Girls' Marine High School. Ici, elles sont rejointes par d'autres qui partagent leur rêve de devenir Mermaids Bleus. Bientôt, des exercices d'entraînement commencent, avec Akeno et Moeka étant chargés de leurs propres navires et équipages.

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