Année 2055, 4 ans après les événements à Danball Senki W. LBXs sont devenus le plus grand hobby du monde, assez grand pour les ligues pro à établir, et les gens pour faire leur vie entière hors d'être un joueur LBX. 14-year-old Arata est un nouvel étudiant de transfert à Kamui Daimon Integrated Academy sur l'île de Kamui, près du Japon. Connu pour être l'institution la plus prestigieuse dans le monde pour élever les joueurs LBX et la mécanique, l'entrée à l'académie nécessite un obstacle extrêmement compétitif d'être le champion d'au moins 3 tournois officiels.

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