Rune Balot est une prostituée adolescente à l'abandon à Mardock City. Un jour, elle est ramassée par un manager de casino ambitieux nommé Shell qui lui donne tout ce qu'elle pourrait vouloir. Renouvelée par une fausse innocence, un faux passé, et maintenant la fausse vie que Shell lui a donnée, Balot se sent reconnaissante. Cependant, elle ne peut qu'être curieuse de savoir pourquoi il a tant fait pour elle, donc elle fait quelques recherches sur son passé sur un ordinateur. Cela s'avère être une erreur qui changera grandement sa vie. Quand Shell découvre ce qu'elle a fait, il tente de la brûler à mort en faisant sauter sa voiture.

En raison du taux élevé de criminalité à Mardock, une nouvelle loi appelée «Scramble 09» a donné carte blanche à la police pour prendre des mesures extrêmes et illégales pour relancer les témoins de crime.

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