Alors qu'il roule avec Jack Atlas et Crow Hogan, Yusei Fudos's Stardust Dragon est capturé par Paradox, un mystérieux Turbo Duelist du futur, lors d'un Turbo Duel et transformé en Sin Monster. Avec l'aide du Crimson Dragon, Yusei poursuit après Paradox alors qu'il entre dans un décalage temporel, se terminant dans le passé. Pendant cette période, Paradox duels contre Jaden Yuki, qui est toujours en mesure d'utiliser les pouvoirs de Yubel et Le Roi Suprême. Cependant, à cette époque Paradox avait également capturé Cyber End Dragon et Rainbow Dragon et overwhelms Jaden. Il est sauvé grâce à Yusei et le Dragon Crimson. Jaden informe Yusei des véritables intentions de Paradox. En volant divers monstres de travers le temps et les deux sombres, il prévoit de tuer Maximillion Pegasus, le créateur de Duel Monsters, empêcher le jeu d'être créé et faire passer les événements de toutes les séries de Paradox.

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