Deux ans après la défaite de Galactor et la mort apparente de Condor Joe, un bateau de croisière est attaqué par le leader X, tuant presque tout le monde à bord. L'une des survivantes, une jeune fille, est capturée par X et a rapidement vieilli dans le bizarre, le méchant Gel Sadra. Bien qu'elle ait l'apparence d'un adulte, Gel Sadra n'est pas immunisée pour jeter des tantrums enfantins et se comporter immaturement.

Au milieu de la renaissance de Galactor, l'équipe Science Ninja est appelée à l'action, avec un homme ombragé connu sous le nom de Hawk Getz agissant comme remplaçant pour Joe. Getz est rapidement révélé comme étant un agent Galactor déguisé (et avait tué l'actuel Getz qui devait rejoindre l'équipe), et s'est fait tuer par un mystérieux shuriken plume. Après des indices répandus dans les trois premiers épisodes, Joe réapparaît dans le quatrième épisode, ayant d'une manière ou d'une autre survécu à ses blessures mortelles à la fin de la première série, et se joint à l'équipe.

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