L'histoire se concentre autour d'Akihisa Yoshii, la "baka" du titre. Son académie divise rigidement le corps étudiant en classes basées sur les résultats des tests. Les prodiges sont dans la classe A avec des sièges inclinables complets avec climatisation, mais Akihisa est en classe F, le rang le plus bas de l'échelle scolaire qui n'est fourni que avec des tables basses, décrépites et des tapis de tatami usés de paille. Une fille nommée Mizuki Himeji est en fait l'une des filles les plus intelligentes de l'année de deuxième année d'Akihisa, mais elle a eu une fièvre le jour d'essai et a été enfermée dans la classe F. Outre Mizuki (qui Akihisa adore secrètement), la classe F a également Yuuji Sakamoto, la présidente de classe qui a été l'ami d'Akihisa et son partenaire dans la criminalité depuis la première année.

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