Kotetsushin Jeeg se déroule cinquante ans après l'original et présente de nouveaux personnages—principalement le nouveau personnage principal Kenji Kusanagi, un lycéen qui devient Kotetsushin Jeeg pour combattre la réapparition soudaine des "Haniwa Genjin" ("Haniwa Phantom Gods", ou robots d'argile) de l'Empire Jamada dirigé par la Reine Himika. Les autres personnages sont Tsubaki Tamashiro (petite-fille de Miwa Uzuki) et Kyou Misumi. D'autres personnages principaux de la série originale apparaissent également.

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