Dans un futur proche, les humains et les robots coexistent. Les "Robattles", une compétition dans laquelle les Medarot s'affrontent, sont populaires parmi les enfants. La conscience d'un Medarot, c'est-à-dire son cerveau, se trouve dans une médaille qui peut être insérée dans le corps du robot et en être éjectée. Par hasard, Ikki, neuf ans, trouve une médaille rare et, peu de temps après, il a son propre Medarot nommé Metabee. Voici l'histoire de leur amitié et de leur évolution, alors qu'ils font preuve de sagesse et de courage pour combattre d'innombrables adversaires dans des batailles de robots.

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