L'avenir lointain: L'humanité a établi la ville de fort mobile, la plantation, sur les terres ruinées. Dans la ville étaient des quartiers pilotes, Mistilteinn, autrement connu sous le nom d'"Birdcage." C'est là que les enfants vivent... Leur seule mission dans la vie était le combat. Leurs ennemis sont les organismes géants mystérieux connus sous le nom de Kyoryu. Les enfants utilisent des robots connus sous le nom de FRANXX pour faire face à ces ennemis encore invisibles. Parmi eux, un garçon qui était autrefois appelé un enfant prodige: Code 016, Hiro. Un jour, une mystérieuse fille appelée Zero Two apparaît devant Hiro.

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