Après avoir rejoint la résistance contre le bakufu, Gintoki et le gang se cachent, avec Katsura et ses rebelles Joui. Les Yorozuya sont bientôt approchés par Nobume Imai et deux membres du Kiheitai, qui expliquent que les pirates Harusame se sont tournés contre le capitaine de la 7e division Kamui et leur ancien allié Takasugi. Les Kiheitai présentent Gintoki avec un travail: trouver Takasugi, qui a disparu depuis que son navire a été embusqué dans un raid Harusame. Nobume fait également une révélation étonnante concernant le Tendoushuu, une organisation secrète tirant les cordes de nombreuses factions, et leur chef Utsuro, la figure ombreuse avec une ressemblance étrange avec l'ancien professeur de Gintoki.

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