Dans un Japon futuriste après la fin d'une guerre mondiale brutale, la science a avancé par des sauts et des limites donnant à l'humanité le choix de prolonger la vie et de réduire la souffrance avec l'utilisation de cybernétiques sophistiqués. Avec toute l'humanité liée à un système d'esprits et de personnalités connu sous le nom de fantômes, la plus grande menace pour la civilisation est les cyber-terroristes capables de détourner les corps et les souvenirs des gens. Lorsqu'un virus qui infecte les fantômes connu sous le nom de Fire-Starter commence à se répandre dans le système entraînant l'assassinat du Premier ministre japonais, le Major Motoko Kusanagi et son équipe d'élite d'agents spéciaux sont appelés à rechercher sa source.

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