Après la destruction de "The World" en 2015, CC Corporation a reconstruit le jeu en utilisant les données de ce qui devait être un autre jeu. "The World R:2" est alors sorti en 2016. Un nouveau venu dans le jeu, Haseo, est instantanément PKé puis réanimé par un homme mystérieux connu sous le nom d'Ovan. Avec le problème des PKs qui occupent le jeu, Haseo reçoit peu après l'aide d'une femme Harvest connue sous le nom de Shino. Entre curiosité et confusion, Haseo est amené à rejoindre la guilde connue sous le nom de Twilight Brigade. Cette guilde est à la recherche de l'objet légendaire connu sous le nom de "Clé du Crépuscule". Se déroule avant le jeu .hack//G.U.

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