Masaru, élève de deuxième année au collège et combattant de rue invaincu, est sur le point d'apprendre la signification du mot "travail d'équipe". Après qu'Agumon se soit échappé de DATS, une organisation qui s'occupe des Digimon, il se retrouve dans un combat avec Masaru. Yoshino et Lalamon viennent bientôt capturer Agumon, et les deux combattants s'échappent. Après l'apparition d'un Digimon maléfique, c'est à Masaru et Agumon de le vaincre grâce à leur Charge ADN.
Bientôt, Masaru doit rejoindre le DATS pour mettre fin à l'arrivée des Digimon sur Terre. Avec l'aide de Yoshino, Ikuto et Touma, le groupe doit arrêter tous les Digimon maléfiques qui apparaissent et les renvoyer dans le monde numérique.
Mais tout ne se passe pas comme prévu...

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