Les Zoïdes - de puissants méchas de combat en forme d'animaux - ne sont plus utilisés pour la guerre, mais dans le cadre de compétitions sportives organisées. L'équipe Blitz, un groupe de pilotes qui s'efforcent de se faire une place dans les ligues de combat de zoïds, connaît un coup de chance lorsque Bit Cloud, un brocanteur vagabond, se glisse parmi eux et se révèle capable de piloter le capricieux Liger Zero, un zoïds qui refuse de laisser entrer qui que ce soit dans son cockpit. Menée par Bit et le Liger, l'équipe Blitz se hisse progressivement au sommet, mais en chemin, elle attire l'attention du groupe Backdraft, une organisation de pilotes zoïds qui agit en marge des lois établies par la Commission de lutte contre les zoïds. Les Backdraft veulent des Zoïdes puissants pour grossir leurs rangs, et ils ont des vues sur le Liger Zero...

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