Les Zoïdes sont des machines de combat ressemblant à des bêtes, utilisées aussi bien dans la vie de tous les jours, comme les transports, que dans des situations particulières, comme la guerre. Certains types de Zoïdes, appelés Organoïdes, sont des Zoïdes miniatures qui sont des organismes vivants. Ces Organoïdes ont la capacité de fusionner avec un Zoïde non vivant et de le rendre beaucoup plus puissant.
Van (Ban) Freiheit découvre un Organoïde Zoïde dans un laboratoire abandonné alors qu'il fuit deux étrangers pilotant des Zoïdes. Dans le laboratoire, dans un tube de suspension animé, se trouve également une étrange jeune fille. Il ouvre le tube et l'emmène avec l'Organoïde. Repérant un Zoïde Liger Bouclier en ruine à l'extérieur, l'Organoïde fusionne avec lui et répare les dégâts. En s'échappant, Van nomme l'Organoïde Zeke et décide de le garder comme ami. La fille, qui dit s'appeler Fiona, veut trouver quelque chose appelé Zoids Eve, et c'est ainsi que Van, Zeke et Fiona commencent leur aventure.
(Source : AniDB)

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