Malgré l'utilisation du projet de loi sur l'ordonnance pour la jeunesse pour faire respecter les couvre-feux pour les mineurs et réglementer l'utilisation d'Internet, les jeunes continuent à se battre pour leur propre liberté par des méthodes clandestines. Un tel groupe s'appelle SIRRUT. Ils ont décidé de prendre Fumito Nanahara, un homme qui a une grande influence sur le monde politique, et contrôle fondamentalement Tokyo avec un poing de fer. Tout en utilisant Internet comme une arme pour découvrir plus d'informations sur Fumito, ils apprennent sur "Tower", l'organisation secrète derrière Fumito qui se livre à l'expérimentation humaine.

Lorsque des membres de Surat tentent d'installer une embuscade dans le métro pour exposer la vérité derrière "Tower", des créatures mystérieuses apparaissent soudainement et attaquent les passagers. Pendant cette crise, Saya apparaît - une jeune fille qui utilise une lame japonaise pour tuer les Anciens.

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