Une nuit, Madoka Kaname, 14 ans, a un cauchemar terrible - dans le contexte d'une ville dévastée, elle est témoin d'une jeune fille qui combat une bataille perdue contre un être terrible qui s'attarde au-dessus, tandis qu'une créature magique semblable à un chat dit à Madoka que la seule façon de changer une telle issue tragique est pour elle de faire un contrat avec lui et de devenir une fille magique.

Le lendemain, le rêve de l'adolescente semble devenir réalité comme la fille qu'elle a vue dans son rêve - Homura - arrive à Mitakihara Middle School en tant qu'étudiante de transfert, avertissant mystérieusement Madoka de rester comme elle est; mais quand plus tard elle et sa meilleure amie Sayaka rencontrent la même créature magique semblable à un chat de son rêve - qui se présente comme Kyubey - la paire découvre que les filles magiques sont réelles, et de plus, elles peuvent choisir de devenir une seule.

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