Après les événements de l'affaire Lost Logia, Nanoha attend patiemment le jour où elle pourra retrouver son nouvel ami, Fate. Bien qu'elle soit une mage exceptionnellement puissante, Nanoha passe ses journées normalement avec ses amis sur Terre. Mais la paix est une fois de plus soudainement brisée, car Nanoha est attaquée sans avertissement par un puissant mage. Un groupe de mages violents s'en prend à tout ce qui a un pouvoir magique pour atteindre ses propres objectifs. Nanoha et Fate, ainsi que leurs amis Yuuno, Arf, Chrono et le Bureau d'Administration de l'Espace et du Temps doivent une fois de plus s'unir pour empêcher ces mages renégats de faire du mal à qui que ce soit ou à quoi que ce soit d'autre. Se déroule après la première saison de Lyrical Nanoha.

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