Takamachi Nanoha, une élève de troisième année, est tombée sur un furet parlant blessé après avoir entendu ses appels à l'aide télépathiques. Le furet s'avère être Yuuno, un archéologue et mage d'un autre monde qui a accidentellement dispersé les dangereuses Semences de Joyaux sur Terre. N'ayant plus la force de collecter les Semences de Joyaux, Yuuno avait repris sa forme de furet et avait besoin de quelqu'un d'autre pour s'acquitter de cette tâche à sa place. Il a donné un joyau rouge à Nanoha en lui expliquant qu'avec celui-ci, elle pourrait se transformer et utiliser la magie pour combattre les monstres qui les menaçaient à cause des graines de joyaux. Mais les monstres sont le cadet de leurs soucis, car Yuuno et Nanoha ne sont pas les seuls à vouloir récupérer les graines de joaillerie.

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