Le Japon a conçu un exosquelette armé « Infinite Stratos » (IS) et il est devenu le courant des armes. Comme seules les femmes peuvent opérer IS, les femmes dominent la société sur les hommes. Orimura Ichika est un garçon de 15 ans et touche accidentellement un IS placé dans l'école pilote IS. Il est considéré comme le seul homme qui peut opérer IS et forcé à entrer dans l'école de formation.

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