Ikaruga Natsuki, un garçon qui a perdu sa mère et une de ses jambes dans un accident quelques années plus tôt, revient déçu d'une vie dure dans la grande ville pour trouver sa vieille maison de campagne à moitié avalée par la mer. Laissé sans famille, tout ce qu'il a à son nom est le navire et sous-marin laissé à lui par sa grand-mère océanologue, et ses dettes. Son seul espoir de restaurer les rêves pour l'avenir qu'il a perdu est de saisir une occasion qui lui est offerte par le collectionneur de dettes suspect Catherine. Ils s'embarquent pour fouiller les ruines englouties du laboratoire de sa grand-mère afin de trouver une rumeur de trésor qu'elle y a laissé. Mais ce qu'ils trouvent n'est pas des richesses ou des bijoux; c'est une étrange fille couchée dans un cercueil au fond de la mer, Atri. Atri est un robot, mais son apparence et sa richesse d'émotions seraient dues à penser qu'elle est un être humain vivant, respirant.

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