Le chef de la Team Rocket, Giovanni, a trouvé Mewtwo dans une zone reculée de la région de Johto. Alors que Giovanni tente de capturer Mewtwo, Ash et ses amis sont kidnappés par Domino, un nouveau membre de la Team Rocket, alors qu'ils tentent de sauver Pikachu de Jessie et James. Les Pokemon Clones sont également capturés et servent d'appât à Mewtwo. La situation devient alors une bataille entre les volontés de Mewtwo et de Giovanni ; et Mewtwo essaie aussi de découvrir si lui et les clones ont un but dans la vie, même s'ils sont des produits de la science.
(Source : Anime News Network)

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