En 2012, le Japon a été envahi par les Mu. Des êtres à l'apparence humaine venus d'une autre dimension et au sang bleu.
En 2015, Tokyo est attaqué par des envahisseurs, qui sont repoussés par une arme humanoïde appelée Dolem. Pendant le chaos, Ayato Kamina rencontre Reika Mishima, une camarade de classe

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Ce même jour, il est attaqué par des représentants du gouvernement, mais une femme nommée Haruka vient à son secours, l'informant qu'elle a été envoyée pour le chercher par l'Organisation TERRA, et que Tokyo a été scellée dans une faille temporelle où le temps s'écoule un tiers plus vite que dans le monde extérieur.

Il fuit Haruka dans un train où il revoit Reika. Arrivé à la salle de Rah, il la suit jusqu'à un énorme œuf d'où sort le Dolem RahXephon, et sur son chant, sa mère apparaît au sommet du Dolem qui a arrêté l'invasion de la TERRA. Au cours de la bataille, la mère d'Ayato est blessée et Ayato s'enfuit de Tokyo Jupiter avec Haruka après avoir vu le sang bleu de sa mère.

Attention : cette traduction a été générée automatiquement.