Après cinq ans d'insouciance, le lycéen Taiju Ooki est enfin prêt à confesser son amour à Yuzuriha Ogawa. Juste au moment où Taiju commence sa confession, une lumière verte aveuglante frappe la Terre et pétrifie l'humanité à travers le monde, transformant chaque homme en pierre.

Plusieurs millénaires plus tard, Taiju se réveille pour trouver le monde moderne complètement inexistant, comme la nature a prospéré dans les années l'humanité est restée immobile. Parmi un monde de statues en pierre, Taiju rencontre un autre humain vivant : son ami, Senkuu, qui aime la science, qui est actif depuis quelques mois. Taiju apprend que Senkuu a développé un grand projet – pour lancer la renaissance complète de la civilisation avec la science.

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