L'histoire est établie quatre ans après les événements de l'anime original Shirobako. Aoi Miyamori s'occupe des problèmes ordinaires dans son travail quotidien à Musashino Animation. Après une réunion du matin, Watanabe parle à Aoi et la place en charge d'un nouveau projet d'anime théâtral pour le studio. Le projet a des problèmes inattendus, et Aoi n'est pas sûr si l'entreprise peut procéder à un anime théâtral avec son état actuel. Tout en traitant de cette anxiété, Aoi rencontre une nouvelle collègue nommée Kaede Miyai. Elle et l'équipe MusAni travaillent ensemble pour terminer le projet.

(Source : Anime News Network)

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