Deux ans se sont écoulés depuis le raid de la GCC sur Anteiku. Bien que l'atmosphère de Tokyo ait considérablement changé en raison de l'influence accrue de la GCC, les goulets continuent de poser un problème car ils ont commencé à prendre garde, en particulier l'organisation terroriste Aogiri Tree, qui reconnaît la GCC comme une menace croissante pour leur existence. La création d'une équipe spéciale, connue sous le nom de Quinx Squad, peut fournir à la GCC la poussée dont ils ont besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo. En tant qu'humains qui ont subi une chirurgie pour faire usage des capacités spéciales des goulets, ils participent à des opérations pour éradiquer les créatures dangereuses.

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